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細菌基因組完成圖-NGS躍級版發布,助力基因組學研究
時間:
2022-09-19
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細菌基因組完成圖-NGS躍級版發布,助力基因組學研究

9月15日,真邁生物與序禎達生物、UST共同簽署協議,正式達成戰略合作。根據協議,序禎達生物將采用UST的TELL-Seq關聯長讀長二代測序技術,并通過真邁生物的GenoLab M高通量基因測序平臺,推出經濟可及的長讀長測序解決方案,為廣大合作伙伴提供高品質的檢測分析服務。作為此次戰略合作的第一個重量級成果,三方聯合推出的「細菌基因組完成圖-NGS躍級版」今日發布。

它的詳情,來一睹為快↓↓↓


細菌基因組完成圖-NGS躍級版

組裝細菌完整基因組是現代微生物研究的重要手段。利用細菌基因組完成圖可以更好地研究重要基因功能、鑒定未知功能基因以及比較物種間的進化關系,這在傳染性疾病的研究、預防與治療,環境微生物研究及疫苗和抗生物等的研究開發中都發揮著重要作用。

序禎達生物采用UST的TELL-Seq關聯長讀長二代測序技術,結合真邁生物的GenoLab M高通量基因測序平臺,打造出一款通過二代測序平臺即能接近三代組裝效果的全新產品——細菌基因組完成圖-NGS躍級版。

丨長讀長二代測序技術讓細菌基因組完成圖繪制觸手可及

細菌基因組完成圖-NGS躍級版采用了關聯長讀長二代測序技術——TELL-Seq,該技術通過轉座酶對來自同一條長DNA的小片段進行特定標記,利用標記對短讀長序列進行拼接,讓二代測序的短讀長數據產生超長讀長測序效果,等價讀長達20 kb-200 kb。經過創新開發的生信算法,組裝的平均效果為contig(>10kb):1-10個;N50:2-5Mb(與基因組大小關聯)。

該技術不僅可用于微生物de novo測序(菌種鑒定),還可應用于基因組單倍體分型(Phasing)、基因組結構變異、新物種全基因組de novo組裝等多個方向。

細菌基因組完成圖-NGS躍級版發布,助力基因組學研究

丨細菌基因組完成圖-NGS躍級版,揭示細菌基因組完整面貌

細菌基因組完成圖-NGS躍級版通過基于TELL-Seq的二代測序技術以真邁生物的GenoLab M為載體,對細菌基因組進行測序,實現高性價比的基因組完成圖組裝,獲得高準確度的基因組信息。

細菌基因組完成圖-NGS躍級版發布,助力基因組學研究

丨卓越效果,眼見為實

TELL-Seq技術的測序數據可以組裝出接近完美的細菌基因組

細菌基因組完成圖-NGS躍級版發布,助力基因組學研究

樣本要求及檢測周期:

送樣要求:≥50ng,片段長度>20kb,未經反復凍融,無降解,無污染

運輸要求:-80℃保存,干冰運輸

檢測周期:最短3周(收到樣本至交付組裝結果)

交付結果:DNA質檢報告、測序下機原始數據、組裝結果


關于GenoLab M

GenoLab M是一款精準、高效、靈活、開放的桌面型高通量基因測序平臺,其采用基于芯片擴增的表面熒光測序技術SURFSeq對堿基的熒光信號進行識別,實現邊合成邊測序。GenoLab M可以兼容目前市面上主流的NGS文庫制備產品和數據分析流程。

相較于目前市場上的同類競品,GenoLab M在擁有雙芯片平臺的基礎上,還支持'滾動上機'模式,“滾動上機”是指GenoLab M在運行單側芯片平臺測序時,用戶可根據實際實驗需求隨時啟動空閑芯片平臺的測試工作,“雙芯片平臺+滾動上機模式”極大地提高了GenoLab M的檢測靈活性,為用戶帶來了優秀的使用體驗。

細菌基因組完成圖-NGS躍級版發布,助力基因組學研究

參考文獻:

1. Chen Z, Pham L, Wu TC, et al. Ultra-low input single tube linked-read library method enables short-read second-generation sequencing systems to generate highly accurate and economical long-range sequencing information routinely. Genome Res. 2020;30(6):898-909. doi: 10.1101/gr.260380.119.

2. Arun Sethuraman, Rosalina Stancheva, Ciara Sanders, et al. Genome of a novel Sediminibacterium discovered in association with two species of freshwater cyanobacteria from streams in Southern California, G3 Genes|Genomes|Genetics, Volume 12, Issue 7, July 2022, jkac123, https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac123

3. Kumar, A., Im, K., Banjevic, M. et al. Whole-genome risk prediction of common diseases in human preimplantation embryos. Nat Med 28, 513–516 (2022). https://doi.org/10.1038/s41591-022-01735-0

4. Faith M Anderson, Noelle Visser, Kevin Amses, et al. Human commensal Candida albicans strains demonstrate substantial within-host diversity and retained pathogenic potential. bioRxiv 2022.09.09.507247; https://doi.org/10.1101/2022.09.09.507247

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